據廣州市政府副秘書長唐航浩介紹，南沙保稅港區規劃總面積7.06平方公里，包括港口作業區、物流作業區、出口加工作業區、公共查驗區、江海聯運作業區等功能區。其所享的主要稅收政策包括：國外貨物入港區保稅；貨物出港區進入國內銷售按貨物進口的有關規定辦理報關手續，并按貨物實際狀態徵稅；國內貨物入港區視同出口，實行退稅；港區內企業之間的貨物交易不徵增值稅和消費稅。

　　新華社的報導稱，隨著全球排名第一的集裝箱運輸公司丹麥馬士基、排名第六的中海集運等國內外船運巨頭陸續參股投資南沙港區碼頭，南沙港區開辟的外貿航線迅速增加。到目前為止，世界排名前十位的國際班輪公司已經有9家進駐南沙港區開展業務，開辟的外貿集裝箱班輪航線達20多條，可通達歐洲、美洲、非洲、大洋洲、地中海、紅海、東南亞等世界各主要港口。

　　廣州港是華南地區最大的綜合主樞紐港，也是國家規劃的9個沿海集裝箱干線港之一，2007年完成貨物吞吐量3.4億噸，位居全國第叁、世界第五位。廣州南沙保稅港區位於珠江出海口的西岸，通過珠江水系發達的內河航運可將保稅港區快捷、經濟的功能優勢輻射到珠叁角中西部地區以及珠江流域的廣西、貴州等省區。

　　業內人士表示，廣州南沙保稅港區的成立，有利於進一步完善廣州港的功能，通過“水水轉運”的方式，降低內、外貿貨物中轉的成本，實現珠叁角經濟區與國內、國際市場的有效連接。