由于向貨主收取滯箱費，萬海航運遭美國聯邦海事委員會（FMC）調查。

2021年12月30日，FMC發布公告稱，將調查萬海航運收取“不合理”集裝箱延滯費，調查范圍涵蓋萬海航運2021年春季以來有問題的21個集裝箱。根據FMC的說法，萬海航運在“無法提供還空箱地點”“無法預約還空箱服務”等情況下，仍向托運人收取延滯費。

這是繼地中海航運、達飛輪船、中遠海運集運、長榮海運、赫伯羅特等巨頭之后，又一家因收取集裝箱延滯費而遭到客戶投訴的集運公司。

目前萬海航運有25天時間可以對FMC的調查作出書面回應。該案件已經提交給美國行政法官辦公室（Office of Administrative Law Judges）。FMC曾表示，如果收取延滯費不能增加集裝箱的流通性，那么對空箱收取延滯費的做法并不合理。

萬海航運證實了這一消息，并表示該公司在美國地區滯留費和延滯費的收費標準皆已向主管機關報備，并依據相關規則處理。針對FMC的詢問，萬海航運將全力配合，提供相關資料補充說明，也希望借由此次調查，讓大家了解貨主、拖車、碼頭跟集運公司之間的責任，使供應鏈更順暢。

萬海航運稱，收取集裝箱延滯費是業界為加速客戶歸還空箱速度，提高集裝箱周轉率，減少集裝箱在堆場或碼頭場地堵塞的措施之一。如果貨主超過免租期，萬海航運會針對客戶不同個案給予特別考量與優惠。響應加州港口當局對于空箱堆積的疑慮，萬海航運最近已派出數艘掃空船（sweeper）協助碼頭將空箱清出。

空箱積壓在美西碼頭日益嚴重，甚至被認為是碼頭擁堵的罪魁禍首。據洛杉磯港統計，60%的空箱在碼頭停留九天或更長時間，加上長灘港的空箱，估計有超過10萬個空箱積壓，這也造成亞洲出口港缺箱聲頻傳。

洛杉磯港已經決定從本月開始祭出空箱收費計劃，針對滯留在碼頭九天及以上的空箱，每日征收100美元，逐日遞增，每天每個空箱累加100美元，收費對象為集運公司，洛杉磯港務委員會將在2022年1月13日董事會議審議此收費計劃，預定從1月30日起生效。

業內人士表示，船公司收費都經FMC審查通過，不會有問題。去年多地集運公司都因集裝箱延滯費遭到調查，有集運公司非常堅持要收取延滯費，最后FMC裁決需要退還，并未發生罰款，現在美西兩大港都因塞港問題祭出延滯費，FMC也未制止，萬海航運最多就是退還遭申訴的21個集裝箱延滯費約萬余美元，估計不會有罰款。