在冷藏集裝箱船的沖擊下，專用冷藏船的前景將極不確定。冷藏貨運市場雖將東山再起，但冷藏集裝箱船將占大半江山。相對傳統冷藏船，冷藏集裝箱船所具備的一大優勢是其規模經濟效應，除此之外，從純海上運輸方面來看，冷藏集裝箱船更加環保，盡管學術界對此尚有爭議。

倫敦德魯里航運咨詢公司經理加德納（Nigel Gardiner）說：“由于靈活性更佳、價格也更有競爭力，冷藏集裝箱船目前在這個冷藏貨運輸市場中占主導地位。目前，配有冷藏箱的集裝箱船與傳統冷藏船的數量比為4600：763。”

“我們預計，到2015年1月，傳統冷藏船的數量將進一步減少至458-635艘，具體數字要視船舶是30年還是35年報廢而定。” 他還預計，屆時，在全球冷藏航運市場上，經冷藏集裝箱船運輸的份額將從2008年的56%上升到71%。

不過，有新的研究結果顯示，在特定的情況下，冷藏船比冷藏集裝箱船更環保。

漢堡的一位工程博士懷爾德（Yves Wild）在Cool Logistics舉辦的一個業內會議上做了一份展示，對冷藏集裝箱船、傳統冷藏船以及飛機的能耗及溫室氣體排放量做了詳細比較。他從兩個方面分析了冷藏貨在海上運輸過程中的能耗。

第一個方面是從船的整體運行來考慮的。他發現能耗的多少主要取決于船的噸位、航速與貨物載重，其他因素的變化對能耗沒有太大影響。

第二個方面則是比較兩種船的制冷系統。他首先評估了傳統冷藏船的制冷系統的能耗――包括電力制冷系統、冷藏水及冷藏泵再循環風機等。而后，他對冷藏集裝箱船做了評估，包括制冷系統和余熱排出（如貨倉的通風以及冷卻水泵等）的能耗。最后，他說：“能耗的多少主要取決于冷卻系統、船型、貨物載重，還有氣候條件”。

懷爾德共選取了20艘船齡和載重量分別在1-34年之間以及1-1.65萬噸之間的傳統冷藏船和27艘船齡和載重量分別為1-27年以及 0.93-6.5萬噸之間的集裝箱船進行測算。測算結果顯示，一個冷藏集裝箱（feu）的能耗約為6.6千瓦；而冷藏船貨倉的能耗約為150瓦/噸。

以上測算皆假設船舶的航程為5,000海里、航速為20節。不考慮在港時間、貨物冷卻以及空載航程（指返程）的因素，始終假設船舶滿載航運。

懷爾德表示，盡管測算結果如此但做結論還須謹慎。“如果你把兩艘噸位相同的冷藏船和集裝箱船放在一起比較，你會發現還是冷藏船更好些，因為它的制冷設施更有效率。”

“不過，大家知道冷藏船一般較小，裝載量充其量也就100萬立方英尺左右。而冷藏集裝箱多為高箱，一個箱子的容積差不多是1200立方英尺，因此就算最大的冷藏船也只相當于1000teu的集裝箱船。”“而集裝箱船的優勢就在于它們更大以及能夠帶來規模經濟效應。船越大在運輸過程中排放出的二氧化碳排或者說燃油消耗越少。”“在整個供應鏈中，運輸是能耗的大頭。”懷爾德說：“制冷所占的能耗只占總能耗的25%-33%。所以，最主要的排放還是來自于運輸本身，走同樣的路運同樣的貨，當然是大船更有效率。”

不過，懷爾德指出由于受拉美和非洲港口泊位所限，大一些的集裝箱船無法靠泊。“所以，如果冷藏船與集裝箱船都是小船，那冷藏船稍占優勢。因為集裝箱船還必須要負擔集裝箱本身的重量。”“一個集裝箱自重大約4噸，這是一個不利因素，因為箱子要比冷藏船上的制冷、隔熱裝置重。所以在這種情況下冷藏船更高效，不過這個結論僅在兩船噸位相同的條件下才成立。”

懷爾德說：“一艘標準集裝箱船的冷藏箱位應占總箱位的15%-20%。因此如果一艘集裝箱船上的冷藏箱位為1000teu，那么這艘集裝箱船大概是5000teu，這比一般冷藏船大多了。”